catholic university of louvain la neuve
school of medicine
(brussels)

metodos usados en la mayoria de laboratorios de biologia molecular
promocionado por PROMEGA NL.
como buscar y trabajar con blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/i


(workshop of molecular genetics SBIM 2520)
Jean-Pierre HERVEG and Philippe VERDOOT
herveg@bian.ucl.ac.be.nospam and p.verdoot@student.md.ucl.ac.be.nospam
suppress: .nospam
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BLAST

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST), se usa para comparar sequencias de proteinas y de genes en estudio con aquellas que estan metidas en la base publica de datos. Al momento viene en 2 categorias que incluyen PSI-BLAST, PHI-BLAST, y sequencias BLAST 2. BLASTs especializado esta disponible para humanos, microbiologia, y genomes de malaria; tambien para vectores de contaminacion, immunoglobulinas, y sequencias tentativas de consenso humano.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Tools/index.html

dentro del gran rango de posibilidades simplemente vamos a mostrarte como usar:
* Standard nucleotide-nucleotide BLAST [blastn]

entre:

Nucleotido BLAST

* Standard nucleotide-nucleotide BLAST [blastn]
* MEGABLAST
* busqueda de copias similares cortas y exactas

Proteina BLAST

* Standard protein-protein BLAST [blastp]
* PSI- and PHI-BLAST
* busqueda de sequencia cortas y casi similares (parecidas)

Traduccion BLAST busquedas

* Nucleotide query - Protein db [blastx]
* Protein query - Translated db [tblastn]
* Nucleotide query - Translated db [tblastx]


 

Busqueda de dominios conservados

* busqueda de Conserved Domain Database usando RPS-BLAST
* busqueda mediante domain architecture [DART]

Pairwise BLAST

* BLAST 2 Sequencias

Genomic BLAST pages

* Human Genome
* raton Genome
* Rata Genome
* Fugu rubripes
* Zebrafish Genome

* Anopheles gambiae
* Arabidopsis thaliana
* Oryza sativa
* Otros eucariotas
* Microbial Genomes

Paginas epecializadas de BLAST

* VecScreen - BLAST-based detection of vector contamination
* IgBLAST - Analisis de immunoglobulin sequencias en GenBank
* Trace BLAST - Una pagina optimizada para comparasiones de especies cruzadas

Retrieve results for an existing Request ID

* Retrieve results with a Request ID

JavaScript free BLAST pages

* Get the BLAST home page with JavaScript free links

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Universidad Catolica de Louvain
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(Bruselas)

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promocionado por PROMEGA NL.
como buscar y trabajar con blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/



(workshop of molecular genetics SBIM 2520)
Jean-Pierre HERVEG and Philippe VERDOOT
herveg@bian.ucl.ac.be.nospam and p.verdoot@student.md.ucl.ac.be.nospam
suppress: .nospam
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